《塞尔达传说 幻影沙漏》由曾经负责开发《塞尔达传说 四支剑》的开发小组制作，该小组本来是为NDS开发一款《四支剑》系列的续作，然而在策划过程中却发现《塞尔达传说 风之杖》的风格似乎更适合NDS，可以说《幻影沙漏》的创作灵感来自于《风之杖》。
　　本作的故事发生在《风之杖》故事结束的数月后，林克、泰特拉(Tetra)和海盗们为了探求新的大陆而出海。不久他们发现了一艘笼罩在迷雾之中的遇难船只，泰特拉只身前去调查结果遭遇危险，而想要营救泰特拉的林克却坠落海中。林克漂流到一座神秘的岛屿，在海浪声以及精灵的鸣叫中苏醒过来。于是，林克在妖精的帮助下，向着泰特拉出事的那片海域出发……
　　游戏的单机模式在一个故事中有3个主要的大岛屿登场，玩家必须通过逐一过关的形式才能向下发展剧情，游戏中还存在着一个林克不得不数次造访的巨大的地下监狱。通过Nintendo WiFi connection机能《塞尔达传说 幻影沙漏》支持多人联机游戏，玩家可以与远距离的其他玩家进行联机对战。