《命令与征服3》的故事发生在2047年，当时出现了特殊的“泰伯伦矿”，这是一种污染地球、具自行复制能力的外星物质，由于此物质的蔓延，令地球陷入放射冰河时期。而由世界先进国家组成的高科技联盟“GDI”，正努力抑制泰伯伦矿的增生。然而，NOD兄弟会的狂人领袖Kane则对地球有另一番规划，决意使用泰伯伦矿支配及改造人类，实践其疯狂邪恶的梦想。一场涉及地球命运的战争，全面开打。
命令与征服3》新特性和单位介绍

　　《命令与征服3》的GDI和Nod的单人战役分别可分为五个章节，每个章节皆以世界上的不同区域做为舞台，报且包含众多相关的任务。我们将这些地理区域及其对应的相关任务称做「战区」。

　　进行GDI战役时，你将在美国东部沿海地区，以及北非、东欧、德国和意大利与Nod作战。在Nod战役中，你将对华盛顿发动攻击，然后在巴西、东欧、澳洲和地中海与GDI作战。

　　每个战区都有一张地区卫星地图、一系列说明整个区域战况以及各个任务的影片简报，以及任务选择系统。

　　在大多数的情况下，你可以依据你的游戏风格以及策略，选择在个别战区内执行重要任务的顺序。举例来说，你可能必须在两个有截然不同策略目标和报酬的任务之间做选择。其中一个任务可能会要求你攻占机场，而另一个任务的目标则可能是一座港口。这时，要考虑的因素有哪些？假设你占领了机场，在接下来的任务中你将可以使用新的空中部队，并剥夺计算机对手的空中支援。然而，若你选择占领港口，你将可阻止敌军来自海上的攻击，并获得战舰炮击的支持。你所做的选择将会影响以后的任务。

　　在每个战区及任务中，我们努力地让你完全沈浸于游戏世界里。故事随处可见 – 不止局限于高质量的影片中，还充斥于我们所提供的任务目标、你在战场上所听见的无线电对话、世界上的数据库内容、你在游戏过程中发现的人物、任务中发生的事件，以及EVA简报。

关于异形

　　他们一直都在那里，等候适当的时机。一艘来自遥远世界的巨大宇宙飞船停泊在海王星之外的浩瀚漆黑宇宙中，它的系统处于静止状态。

　　该艘异形船舰已在那里等待了数个世纪，沉默地见证着人类文明的兴起。我们的天文学家或许能透过他们最先进的望远镜看见从宇宙飞船体上反射的模糊星光或阳光。前提是他们得知道该朝哪里看。但是人类却从未注意到异形的存在。

　　静止的异形母舰在等候一个信号，它舰上的侦测器有耐性地监视着我们的星球。

　　2047年，地球上浮现闪烁绿光和辐射爆炸，信号终于出现。在经过数千年的沈睡 - 以及在此之前数千年的次光速航行 – 异形母舰终于苏醒。它喷发出靛蓝色的火焰，开始离开停泊的轨道，朝地球驶去。

　　异形对我们并不感兴趣。他们是在追寻其它东西。某种使地球产生变化的特别的东西。他们穿梭数千光年，是为了泰伯伦矿而来，也就是地球上大量生长的绿色水晶…现在…开采的时机到了。