本作的故事背景发生在《合金装备2 自由之子》之后，游戏中的主人公正是我们熟悉的Solid Snake，但此时的他已是一位花白头发、胡子的老战士，而除Snake之外，系列中的老面孔Meryl、Otacon、Ocelot、Raiden等人物也将悉数登场。从已公开的游戏情报来看，自3代的迷彩系统将变更为“章鱼迷彩”系统，只需在原地停留几秒，“章鱼迷彩”就能够自动识别周围环境进行伪装，而CQC系统也将进行大副度进化，并有可能利用到PS3的手柄感应机能。游戏最大的特点仍然是“无处藏身”，无论何时何地都能让玩家感受到游戏中的紧张感。