本作故事围绕“无幻城”展开，鸣人、樱等人完成任务正在回程的途中，鸣人发现在空中浮现着一个城堡（无幻城），并且看到这座城正在吸取人的灵魂。为了救出这些人，鸣人一等人组成小队开始了向这座城挑战。在“无幻城模式”下，玩家通过编制自己的小队挑战100层的“无幻城”，对战时各角色都有属于自己的“究极奥义”。此外在各个模式下如果获得了“ナルＰポイント（鸣人P点数）”就可以在“ナルＰロード（鸣人P道）”上获得“火影忍者”的“画像”“音楽”“映像”或“写真”。